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Los síntomas clínicos debidos a lesiones del hipotálamo pueden ser, igual que ocurría con la anatomía y la fisiología, muy variados y difíciles de sistematizar. Debido al pequeño tamaño del hipotálamo y a que todos los núcleos están muy próximos entre sí, es posible que nos encontremos lesiones que puedan afectar a varias estructuras al mismo tiempo, por lo que muchas veces la localización de la lesión anatómica no puede realizarse con precisión.

   Denominamos marcha antiálgica a aquella alteración en el desplazamiento o apoyo normal de las piernas y pies que debe hacer el enfermo debido al dolor que una lesión del tipo que fuere le produce si intenta caminar de forma normal. Se desarrolla una postura más o menos mantenida de forma instintiva y no totalmente voluntaria.

    Otro de los signos que pueden describirse en el síndrome piramidal es la aparición de sincinesias anormales. Se denomina sincinesia al conjunto de movimientos accesorios que acompañan a un movimiento principal. Por ejemplo, si vamos a coger un objeto de la mesa movemos la mano y los dedos, pero también acomodamos la postura del brazo, la cabeza, el tronco e incluso las piernas para facilitar la acción, estos movimientos serían las sincinesias.

Las crisis epilépticas con relativa frecuencia nos plantean la necesidad de establecer un diagnóstico diferencial con fenómenos paroxísticos no epilépticos. Los fenómenos paroxísticos se caracterizan por su aparición brusca, breve duración y curso recurrente. Es importante reconocer sus características clínicas para poder realizar no sólo un correcto diagnóstico diferencial con las crisis de origen epiléptico, sino para realizar un adecuado enfoque diagnóstico y terapéutico.