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Aunque usualmente tienen un pronóstico favorable es posible que el paciente quede con una discapacidad permanente o incluso acabe en un desenlace fatal. Las cifras de mortalidad son del orden del 30 al 50%, pero se refieren a casos antiguos cuando sólo se diagnosticaban los casos más graves. Actualmente se acepta que la mortalidad está entre el 5 y el 18% (Ameri A et al; 1992), atribuyéndose una mayor proporción cuando se afecta el sistema profundo frente a la trombosis de los senos superficiales (36% vs 11%).