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La disfunción autonómica del esófago puede manifestarse en forma de disfagia o pirosis, pero habitualmente cursa de forma asintomática. La disfagia se debe a la alteración de la motilidad del esófago. La disfagia es inusual en el fallo autonómico puro. A veces se presenta en las fases finales de la atrofia multisistémica.

El sistema motor ocular se encarga de fijar los objetos de la mirada en la fóvea y mantenerla si el objeto o la cabeza se mueven. Consta de los músculos efectores del movimiento ocular (musculatura ocular extrínseca, MOE) y los nervios que los controlan (PC III, IV y VI), la musculatura ocular intrínseca (MOI, esfínter pupilar y músculo ciliar), musculatura periocular (elevador del párpado, músculo de Müller y orbicular), así como el control supranuclear de la mirada conjugada y el seguimiento ocular (sacadas).

 Los núcleos de los nervios oculomotores se encuentran en el tronco del encéfalo (III, oculomotor en el mesencéfalo; IV, troclear en la unión mesencéfalo-puente; VI, abducens en la parte baja del puente). Todos son pares y situados en el tegmento dorsal. IV: oblicuo superior contralateral, VI recto lateral, III: resto de músculos orbitarios, elevador del párpado (bilateral), músculo tarsal de Müller (PSP), músulo ciliar (PSP) y esfínter de la pupila (PSP).

  El núcleo del III par se encuentra en la línea media del mesencéfalo dorsal, a la altura del colículo superior, ventral al acueducto de Silvio (separado por la sustancia gris periacueductal) y dorsal a los fascículos longitudinales mediales. Se divide en varios subnúcleos, distinguiendo dos partes:

- Columna no pareada: compartida por los núcleos del lado derecho e izquierdo, incluye el núcleo visceral de Edinger-Westphal (dorsal) y el subnúcleo del elevador del párpado (caudal).